Một số nhà nghiên cứu nổi tiếng đã phàn nàn rằng ACPeds đã "xuyên tạc, chế tác và mô tả sai lầm" các nghiên cứu của mình để thúc đẩy chương trình nghị sự của họ.[1][9] Tiến sĩ Gary Remafedi, một bác sĩ nhi khoa tại Đại học Minnesota đã lên tiếng khi nghiên cứu của ông được trích dẫn bởi ACPeds để lập luận rằng các trường học nên từ chối hỗ trợ cho thanh thiếu niên đồng tính. Remafedi phàn nàn rằng ACPeds đã cơ bản mô tả sai lệch nghiên cứu của mình, ông cho biết: "Rõ ràng là họ thậm chí không đọc nghiên cứu của tôi, thậm chí họ đánh vần tên của tôi sai mỗi khi họ trích dẫn nó". Gary Remafedi đã viết một bức thư, yêu cầu ACPeds chấm dứt việc trích dẫn nghiên cứu của mình. Tổ chức này sau đó đã từ chối sửa đổi hoặc rút lại lời khẳng định của mình, dẫn đến Remafedi đã mô tả rằng "ACPeds đã cố tình bóp méo nghiên cứu của tôi cho mục đích độc hại". Remafedi nói, ông buồn và lo lắng cho tác động của các nhóm như ACP sẽ thực hiện lên trẻ em, ông nói: "Đó là một sự bôi nhọ. Ở giác độ bản thân, khi tôi chết và được chôn cất, tôi không muốn công việc của mình được kết hợp với các loại hình tổ chức và những ý đồ. Tôi làm nghiên cứu để giúp mở rộng sự hiểu biết và giúp cải thiện cuộc sống của trẻ em và sức khỏe của họ. Vì vậy, khi có người cố gắng để gây nhầm lẫn vấn đề, hoặc nói những điều họ biết là không đúng sự thật, phản ứng của tôi cho rằng đó là sự ghê tởm".[1]

Đáp lại tuyên bố của ACPeds rằng "sự hấp dẫn đồng tính có thể được chữa khỏi", Francis Collins - một nhà di truyền học, giám đốc của Viện Y tế quốc gia Hoa Kỳ (Amerian National Institutes of Health) đã tố cáo ACPeds sử dụng tác phẩm của ông một cách "đáng lo ngại". Ông cho biết ACPeds đã sử dụng công trình khoa học của mình một cách "gây hiểu lầm và không chính xác" nhằm "hỗ trợ một hệ tư tưởng mà có thể gây ra đau đớn không cần thiết và khuyến khích thành kiến với học sinh".[9]

Warren Throckmorton - một nhà trị liệu chuyên về vấn đề thiên hướng tình dục, đã phàn nàn tương tự rằng nghiên cứu của ông đã bị lạm dụng. Ông phát biểu: "Thông tin và các trang web đó là không trung thực", và "ACPeds nói rằng họ đang vô tư và không bị thúc đẩy bởi những lo ngại chính trị hay tôn giáo, nhưng nếu bạn nhìn vào những đối tượng mà họ đang liên kết và cách thức mà họ đang sử dụng với các nghiên cứu, đã chỉ rõ ràng rằng điều đó là không đúng sự thật".[1] [1]

Nhà phê bình Frank Rich viết trong New York Times, mô tả ACPeds như là một "tổ chức chính trị 'bán hàng rong' của sự thành kiến kỳ thị và khoa học rác".[10] Hiệp hội quốc gia của người lao động xã hội đã mô tả ACPeds là một "nhóm nhỏ và nằm ngoài rìa", và "nằm ngoài những bước tiến về nghiên cứu của AAP và các cơ quan phúc lợi về y tế trẻ em khác."[3] Tổ chức PFLAG xác định ACPeds là một tổ chức chống bình đẳng, mô tả ACPeds là: "một nhóm nhỏ tách ra của các chuyên gia y tế, những người chống lại quan điểm chính thống của AAP rằng đồng tính luyến ái là một khía cạnh bình thường của sự đa dạng của con người".[11]